മഞ്ഞയും വെള്ളയും പൂക്കളാണ് സുബ്രഹ്മണ്യ പൂജയ്ക്ക് ഏറ്റവും ഉത്തമം. അതിനാൽ  ജമന്തി, വെള്ളത്താമര,  ബന്ദി, നന്ത്യാർവട്ടം തുടങ്ങിയ പൂക്കളാണ് ഷൺമുഖ പൂജയ്ക്ക് പൊതുവേ ഉപയോഗിക്കുന്നത്.  കണിക്കൊന്ന, തുമ്പപ്പൂ എന്നിവയ്ക്കും പ്രാധാന്യം ഉണ്ട്. തുളസിയും  കൂവളത്തിലയും പ്രിയങ്കരമെങ്കിലും ഇവയ്ക്ക് അമിത പ്രാധാന്യം ഇല്ല. മഞ്ഞയും വെള്ളയും പൂക്കൾ ഉപയോഗിച്ച് നടത്തുന്ന കുമാരസൂക്തം, ഭാഗ്യസൂക്തം, സംവാദസൂക്തം,  പുരുഷ സൂക്തം എന്നിവയാണ് സുബ്രഹ്മണ്യ പ്രീതിക്ക് നടത്തുന്ന പ്രധാന പുഷ്പജ്ഞലികൾ. അഷേ്ടാത്തരശതനാവലി, സഹസ്രനാമം എന്നിവ കൊണ്ട് പുഷ്പാഞ്ജലി ചെയ്യുന്നത്  വളരെ വേഗം  കാര്യസിദ്ധി നല്കും. ഇഷ്ടകാര്യസിദ്ധിക്കാണ് കുമാരസൂക്തം ജപിച്ച് പുഷ്പാഞ്ജലി നടത്തുന്നത്. ഭാഗ്യം തെളിയാനാണ് ഭാഗ്യസൂക്തപുഷ്പാഞ്ജലി. പുരുഷസൂക്തം ഐശ്വര്യത്തിനും സംവാദസൂക്തം  പരസ്പര ഐക്യത്തിനും യോഗക്ഷേമസൂക്തം കർമ്മ ഭാഗ്യത്തിനും നടത്തുന്ന പുഷ്പാഞ്ജലികളാണ്.  ഈ മന്ത്രങ്ങൾ കൊണ്ടുള്ള അർച്ചനകൾ സുബ്രഹ്മണ്യക്ഷേത്രത്തിൽ നടത്തുന്ന കാര്യസിദ്ധിക്ക് വളരെ നല്ലതാണ്.
സുബ്രഹ്മണ്യ ക്ഷേത്രങ്ങളിലെ  പ്രദക്ഷിണത്തിനും പ്രത്യേക ക്രമമുണ്ട്.  അതിനാൽ എല്ലാ സുബ്രഹ്മണ്യ ക്ഷേത്രങ്ങളിലും ഒരേപോലെയല്ല  പ്രദക്ഷിണം. ബ്രഹ്മചാരി സങ്കല്പത്തിലുള്ള സുബ്രഹ്മണ്യന് മൂന്ന് പ്രദക്ഷിണമാണ് വേണ്ടത്. ഗൃഹസ്ഥാശ്രമിയായി വള്ളി ദേവയാനീ സമേത സങ്കല്പത്തിൽ പ്രതിഷ്ഠയുളള  ക്ഷേത്രങ്ങളിൽ അഞ്ച് പ്രദക്ഷിണം  നടത്തണം. സുബ്രഹ്മണ്യ ക്ഷേത്രങ്ങളിൽ അടി പ്രദക്ഷിണവും ശയനപ്രദക്ഷിണവും നടത്തുന്നത് കാര്യസിദ്ധിക്ക് ഗുണകരമാണ്.
ബുധൻ, ഞായർ, കാർത്തിക, വിശാഖം, പൂയം, ഷഷ്ഠി  ദിവസങ്ങൾ സുബ്രഹ്മണ്യ പ്രാർത്ഥനയ്ക്കും വ്രതമെടുക്കുന്നതിനും നല്ലതാണ്. തൈപ്പൂയം, സ്‌കന്ദഷഷ്ഠി, എല്ലാ മാസത്തിലെയും ഷഷ്ഠി ദിവസം എന്നിവയാണ് വാർഷിക പ്രാധാന്യമുള്ളസുബ്രഹ്മണ്യ സ്വാമിയുടെ വിശേഷ ദിനങ്ങൾ.സ്‌കന്ദപുരാണമാണ് സുബ്രഹ്മണ്യ പ്രീതിക്ക് 
പാരായണം ചെയ്യേണ്ടത്. നിത്യേന പാരായണം ചെയ്യാം. തിരക്ക് കാരണം അതിന് സാധിക്കാത്തവർക്ക് ചൊവ്വാഴ്ചകളിൽ മാത്രമായും വായിക്കാം.
ത്രിമധുരം, പാൽപായസം, ഉണ്ണിയപ്പം, കദളിപ്പഴം എന്നിവയാണ് സുബ്രഹ്മണ്യപൂജയിലെ പ്രധാന നിവേദ്യങ്ങൾ. പഴങ്ങൾ, ലഡു, അട, എള്ളുണ്ട തുടങ്ങിയ നിവേദ്യങ്ങളും പെട്ടെന്ന് അനുഗ്രഹം നല്കും.

ധ്യാനശ്ലോകം 

സ്ഫുരന്മകുട പത്രകുണ്ഡല വിഭൂഷിതം ചമ്പക
സ്രജാകലിതകന്ധരം കരയുഗേന ശക്തിം പവിം
ദധാനമഥവാ കടീകലിത വാമഹസ്‌തേഷ്ടദം
ഗുഹം ഘുസൃണഭാസുരം സ്മരതു പീതവാസോവസം 

മൂലമന്ത്രം
ഓം വചത്ഭുവേ നമ:

– തന്ത്രരത്നം പുതുമന മഹേശ്വരൻ നമ്പൂതിരി(സംശയ നിവാരണത്തിന് വിളിക്കേണ്ട മൊബൈൽ: + 91 944702 0655)